学校における健康診断は疾病等の早期発見のための重要な機会だが、近年増加している不登校の児童は学校健診を受けられていない可能性があり、疾病等の見過ごしが懸念されている。総務省行政評価局は2026年10月22日、こうした状況を踏まえて実施した調査結果に基づく通知を公表した。

令和7年度の学校健診受診状況の抽出調査では、不登校の児童のうち全科目未受診は小学校で5.7％、中学校で19.9％だった。アンケート調査の結果によると、不登校の児童の健康診断受診促進には、校内における配慮（他の子と日時をずらす等）や校外（病院等）における受診機会の設定が必要とされている。

市町村の対応事例としては、学校医の医療機関や総合病院で健康診断を受けられるようにしている事例のほか、福祉部局等による家庭訪問での健康管理等の支援を行っている事例が報告されている。

総務省は不登校の児童の状態に応じた対策を分類し、国における対策の実施を求めた。断続的にせよ登校している場合は学校内で受診しやすくなる配慮が必要、学校には通えていないが外出は可能な場合は学校外で受診できる機会が必要、ひきこもり状態や家庭事情が複雑なケースは福祉部局等による学校と連携したアウトリーチ支援が必要としている。