デジタル庁は7月28日に災害対策本部を設置し、熊本地震への対応を開始した。8月4日時点で同庁が管轄する政府情報システムが正常に稼働していることが確認された。

7月29日から9月15日の間、災害派遣デジタル支援チーム（D-CERT）が被災地に派遣された。延べ253人日（デジタル庁職員223人日、民間事業者30人日）が費やされた。派遣期間終了後も、オンライン等を通じて支援を継続している。

D-CERTは被災自治体職員が物資の調達・輸送に必要な情報を共有するための新物資システム（B-PLo）の入力効率化ツールを提案した。防衛省が借り上げている民間船舶の乗下船時の受付手続を効率化するための専用アプリの開発・運用も実施した。

ガバメントAI源内は7月29日から被災自治体等に緊急提供され、9月30日をもって提供を終了した。ただし要請があった一部自治体については令和8年度末まで再延長する。8月28日時点での登録アカウント数は全国で247個、熊本県内で57個（7機関・団体）で、AIアプリの実行回数は熊本県内で100回に達した。

被災者生活再建支援金の給付や税・保険料の減免など、各種支援策を申請する際に必要な罹災証明書について、マイナポータルを通じたオンライン申請の案内が開始された。7月28日から9月14日までの累計申請件数は5,890件である。